Idea założenia Muzeum Tatrzańskiego zrodziła się w roku 1888 w gronie przyjaciół Tytusa Chałubińskiego (1820-1889), którzy pragnęli uczcić jego zasługi jako odkrywcy wartości leczniczych Zakopanego, wybitnego warszawskiego lekarza, uczonego i społecznika, wielkiego miłośnika Tatr i góralszczyzny. Aby zrealizować ten pomysł, założyciele powołali Towarzystwo Muzeum Tatrzańskiego im. Dra Tytusa Chałubińskiego. Jednym z zadań Towarzystwa było szukanie środków, sposobów urządzenia i rozwoju muzeum. Najstarsze zbiory, na które składały się kolekcje: botaniczna, geologiczna, zoologiczna oraz etnograficzna i zaczątek biblioteki, zgromadzone zostały drogą darów i kupna całych kolekcji z rąk prywatnych zbieraczy. Pierwsza ekspozycja mieściła się w wynajętym przez Towarzystwo, nieistniejącym już dziś domu przy Krupówkach. Lata osiemdziesiąte XIX w. to początki powstawania pierwszych kolekcji rzemiosła i sztuki ludowej. Okazy etnograficzne gromadzili wówczas: Róża z Potockich hr. Raczyńska, Maria i Bronisław Dembowscy, Zygmunt Gnatowski. Z czasem ich kolekcje trafiły do Muzeum Tatrzańskiego.

W roku 1892 Towarzystwo Muzeum Tatrzańskiego doprowadziło do budowy własnej siedziby. Stało się to możliwe dzięki darowiźnie spadkobierców dra Tytusa Chałubińskiego, którzy ofiarowali Towarzystwu parcelę budowlaną. Autorem projektu był warszawski architekt Józef Pius Dziekoński. W tym samym roku zbiory przeniesiono do nowego budynku. Ostatnie lata XIX i początek XX w. to okres zmniejszenia aktywności Towarzystwa nad organizacją placówki, co potwierdza brak artykułów i wzmianek w prasie.

W roku 1900 pojawiły się w prasie głosy krytyczne pod adresem Muzeum: krytykowano zwłaszcza dział etnograficzny za przypadkowość doboru eksponatów i brak pomysłowości w ich eksponowaniu. W latach przed pierwszą wojną światową nastąpiło przełamanie stagnacji i Towarzystwo podjęło działania w dwóch kierunkach: gromadzenia drogą darów i zapisów środków finansowych na budowę murowanego gmachu muzealnego oraz powiększania zbiorów muzealnych. Dzięki ofiarności prezesa Towarzystwa, Zygmunta Gnatowskiego czy Bronisławy i Kazimierza Dłuskich, środki na budowę nowego gmachu wzrastały. Równocześnie prowadzono prace nad projektem nowej siedziby. W 1911 roku Towarzystwo przyjęło do realizacji plany opracowane przez zawodowego architekta Franciszka Mączyńskiego. Projekt Mączyńskiego spotkał się z ostrą krytyką Stanisława Witkiewicza, twórcy stylu zakopiańskiego, do którego zwrócono się o opinię. W rezultacie, projekt techniczny budynku w stylu zakopiańskim wg koncepcji Stanisława Witkiewicza opracował Franciszek Mączyński.